Forskning i patientforløb mellem sektorer og internt på hospital er et særligt indsatsområde på Universitetsklinik for Innovative Patientforløb, herunder ofte især med fokus på diagnostik. Det er fx rationel udredning for DVT, lungecancerdiagnostik, patienter med ikke-specifikke, alvorlige symptomer samt forløb for patienter med kendt kronisk sygdom. Der er initieret en bred indsats i form af ph.d.-projektet om ”Fleksible Indlæggelser”, opstart af projektet om et "multiambulatorium", "Klinik for multisygdom" og fokus på måder at håndtere medicin, når man bliver indlagt.

Samtidig sker en løbende udvikling af projekter baseret på innovative ideer. De gøres til genstand for en systematisk dataanalyse, artikelskrivning og bred formidling.

Forskningen er multidisciplinær med en sundhedsvidenskabelig tilgang med biomedicin, epidemiologi samt antropologiske og sundhedsøkonomiske studier. 

Der pågår fortsat udvikling af en forskningsinfrastruktur med datamanagement, registeradgang og statistiker. Det gennemføres i samarbejde med Forskningsenheden for Almen Praksis, Klinisk Epidemiologisk Afdeling (Aarhus Universitet), socialmedicin Marselisborgcentret, Center for Folkesundhed og Kvalitetsudvikling (DEFACTUM) samt afdelingerne på Universitetshospitalerne i Aarhus, Odense og Aalborg, Bispebjerg, Syddansk Universitet, Esbjerg, Glostrup, Kristiansand (Norge) m.fl.