Methotrexat må ikke tages sammen med:
Sulfopræparater: Trimothoprim (Batrim, Monotrim, Sulfotrim, Trimopan) (det præparat der oftest anvendes ved blærebetændelse).
Acetylsalicylsyre: (Albyl, Aspirin, Magnyl), der tages mod smerter
Gigtmidler: f.eks NSAID-præparater.
Får man behov for smertestillende medicin, så tag helst medicin af paracetamol-type (Pamol, Panodil, Pinex).