Naltrexone virker blokerende på kroppens morfinreceptorer samt på andre typer receptorer i centralnervesystemet. Når lave doser af Naltrexone gives 1 gang i døgnet, blokerer det nogle af morfinreceptorerne noget af døgnet.
Når receptorerne skiftevis er blokeret og ikke blokeret, danner kroppen flere morfinreceptorer. Det kan gøre, at kroppens naturlige morfiner (endorfiner) øges. Der skabes altså en bedre ligevægt i kroppens naturlige smerteregulerende system.
Naltrexone begynder ofte at virke efter et par uger.